O Programa ENCiMA se coloca na área de concentração de Ensino de Ciências e Matemática. A cada processo seletivo, a inscrição dos candidatos se dá por grupos (Ensino de Química, Física, Ciências Biológicas, Matemática ou Ciências e Matemática na Educação Infantil e nas Séries Iniciais do Ensino Fundamental) e os projetos são avaliados considerando seu enquadramento em uma das três linhas de pesquisa cadastradas. São elas:

1. Epistemologia, Didática e Currículo no Ensino de Ciências e Matemática;
2. Tecnologias da Informação e Comunicação no Ensino de Ciências e Matemática;
3. Formação de professores para o ensino de Ciências e Matemática.

O objetivo do Programa é propiciar ao mestrando um ambiente de investigação e reflexão sobre suas práticas educativas, contribuindo para sua formação profissional e para a produção do conhecimento em Ensino de Ciências e Matemática. Em outras palavras, busca-se aprimorar a qualificação profissional de professores de Ciências e Matemática que atuam nos diversos níveis de ensino (Educação Básica, Técnica e Tecnológica, e no Ensino Superior).

O público-alvo do Programa contempla profissionais licenciados e com prática efetiva em ambiente ligado ao ensino formal ou não-formal, seja na sala de aula, em funções de gestão escolar ou em projetos educativos.

O processo seletivo é anual, via edital, com inscrições previstas para os meses de setembro/outubro.

O curso é presencial e as aulas são oferecidas no período vespertino no campus São Paulo do IFSP.